A partir de exposiciones generadas por el propio museo y de la participación de artistas, desde la década de los 90 el acervo del MACG se enriqueció con la incorporación de piezas exhibidas y cedidas por sus autores como Felipe Ehrenberg, Carlos Aguirre, Laura Anderson Barbata, Arnaldo Coen, Enrique Jesik, Grupo Semefo, Magali Lara, Alejandro Montoya, Brian Nissen, Germán Venegas, Pablo Vargas Lugo y Marcos Arce, entre muchos otros. De esta manera el acervo fue tomando una línea de acuerdo a la vocación del museo como recinto de arte contemporáneo. El patrimonio también se acrecentó con donaciones de coleccionistas, artistas, de la Asociación de Amigos del Museo y por la familia Carrillo Gil, quien a lo largo de estos años favoreció el incremento con varias piezas entre las cuales destaca producción plástica del propio Alvar Carrillo Gil quien pisó el campo de la pintura no sólo como coleccionista sino como pintor.